Han föddes i Piteå Långnäs och hette då Nils Olofsson. Han visade tidigt unika anlag för språk och hamnade så småningom som student vid universitetet i Rostock där han 1582 promoverades till magister. Väl hemkommen till Sverige blev han 1586 "läsemästare", som det hette på den tiden vid Stockholmskollegiet i Hebreiska och Teologi. Han hade då sedan många år antagit namnet Nicolaus Olai Bothniensis. Som övertygad lutheran kom han att kritisera dåvarande kungens Johan III.s nya liturgi, den sk röda boken, så kraftfullt att kungen lät fängsla honom. Detta skedde 1589 och han blev inte fri förrän kungen hade avlidit, dvs 3 år senare.
När 1593 års religionsmöte skulle hållas i Uppsala valdes han till dess ordförande eller Preses som det hette då. Ett mycket viktigt uppdrag. Han var vid detta skede professor vid Uppsala Universitet. Vid detta möte beslutades bland annat att Sverige skulle bli protestantiskt. Han lär efter beslutet ha rest sig upp och slagit näven i bordet och lättad sagt: "Nu är Sverige blivet en man, och alla vi ha en Herre och en Gud". Några år senare valdes han till ärkebiskop. Nicolaus Bothniensis avled innan han hann installeras i sitt ämbete den 18 maj 1600.

Minnesstenen över Nicolaus Olai Bothniensis är rest på Flåskgårdens gårdsplan. Under 1920-talet ansågs det att Bothniensis var född i denna gård. Senare forskning har visat att Bothniensis troligen var född i Gamla Kyrkobyn.